绘制深纹核桃全基因组图谱

核桃（Juglans regia）和深纹核桃（Juglans sigillata）是胡桃属植物的两个种。深纹核桃主要分布在我国西南地区，云南是深纹核桃的起源和分布中心，核桃主要分布在我国北方地区。

针对深纹核桃基因组学研究成果空白的问题，同时，为了回答深纹核桃的物种形成、演化、遗传结构，营养品质形成的遗传基础，以及对高原环境的适应性等科学问题，也为了让深纹核桃育种从1.0农家育种+ 2.0杂交育种的时代迎头赶上3.0分子育种时代，云南省林业和草原科学院应用二代测序技术（Illumina）和三代测序技术（Nanopore、BioNano、Hi-C、ONT超长读长和Hi-Fi），对漾濞泡核桃进行了端粒到端粒高质量的基因组图谱绘制，主要完成了以下创新性工作：

一是精确掌握了深纹核桃的基因组结构信息。组装出高质量（BUSCO评估结果为99.1%）染色体水平的全基因组，注释了蛋白编码基因（30387个）。二是验证了深纹核桃是一个独立的种。系统发育树分析表明，深纹核桃和核桃约在4900万年前分化，解决了学术界认为深纹核桃是核桃的一个地理类型的争论。三是初步探明深纹核桃适应高原气候环境的遗传基础。筛选出与叶绿体防御机制、光合作用、氨基酸代谢等系统密切相关的UVR8、D27、NLP3等正选择基因25个，对揭示深纹核桃适应云南高原强紫外线和高海拔环境提供了理论支撑。

绘制的全球首个高精度深纹核桃基因组图谱，对深入认识深纹核桃适应性和重要农艺性状形成的遗传机制、功能基因组学研究具有重要意义，也为核桃资源高效利用和遗传改良提供了参考。